Il se pratique soit au sol, sur un tapis ou sur une table de massage, soit sur une chaise de massage, pour des zones plus spécifiques comme la tête, le cou, les épaules, les bras, les mains et les hanches. Dans ce cas, il peut également être appelé massage assis ou amma. Il consiste en pressions et frictions sur les méridiens d'acupuncture qui correspondent chacun à un organe ou une fonction. Il agit à la fois sur le corps en détendant et sur l'esprit en relaxant. Le masseur peut aussi bien utiliser ses doigts, ses coudes ou encore ses genoux ou ses pieds.
On a coutume de dire que le shiatsu est un soin d'acupuncture mais sans les aiguilles. Il se pratique à travers les vêtements.